明鄭時代
屬承天府天興縣。
康熙二十三年
設台灣府，屬諸羅縣治，隸屬福建省。
雍正年間
設廳，改屬鹽水港廳，因行政區域再度調整，始改隸嘉義廳。
民國九年九月一日
廢廳，設州郡、庄，始稱為台南州新營郡「後壁庄」。
台灣光復年間
稱台南縣後壁鄉，轄22村。
民國九一年二月一日
村鄰編組調整，烏林村合併於烏樹村，改轄為21村。
民國九十九年十二月
二十五日
縣市合併改制:原臺南縣後壁鄉改為臺南市後壁區
民國一百零七年「臺南市里鄰編組及調整案」二階段實施
民國107年4月30日起嘉田里、嘉民里整併為上茄苳里，菁豊里、崁頂里整併為菁豐里，墨林里、菁寮里、後廍里整併為菁寮里，仕安里、平安里、頂長里整併為長短樹里，福安里、烏樹里(1-12鄰)整併為福安里，長安里、烏樹里(13鄰)整併為長安里。
現有里別由21里整併為14里:後壁里、侯伯里、嘉苳里、土溝里、竹新里、新東里、頂安里、長安里、福安里、菁寮里、新嘉里、長短樹里、上茄苳里、菁豐里。
後壁區原名「後壁寮」。明末清初時，有漢人溯月津港而上，至此開墾，因位月津之後，而稱「後壁寮」。另有一說為現今鄉公所北邊有處名叫「侯伯林」，後壁兩字乃由「侯伯」轉音而來。這個鄉鎮在明鄭時期，就有下茄苳、上茄苳的地名，後來統稱為「下茄苳庄」，鄰近八掌溪的村落，叫做下茄苳北保，靠近急水溪的部落，稱之為下茄苳南保，日治時代改稱為後壁寮，光復後改為後壁鄉。