本辦公處係於民國五十九年自東山鄉公所戶籍課分隸，成立東山鄉戶政事務所，於民國六十八年九月六日完成辦公廳舍興建遷移至東山分駐所旁至今，於民國99年12月25日改制為東山區戶政事務所。自106年7月3日起白河、後壁、東山等3區戶政事務所，整併為臺南市白河戶政事務所，並分設後壁辦公處及東山辦公處。