臺南市議員許又仁及頴艾達利二位議員針對二仁溪沿岸廢棄物清理的問題向環保局提出質詢，環保局林淵淙局長表示，臺南市環保局除了在去年完成相關河段採驗檢驗工作外，目前正積極配合環保署試驗篩分計畫，在有效資源化及去化管道確立後，將由水利署第六河川局清理。目前水質符合環境基準狀況下，環保局已於108年3月26日發文要求河川局做好河灘地穩固，避免廢棄物被沖刷，防止污染擴大。
報載政府機關輕忽二仁溪沿岸廢棄物清理作業，環保局表示，雖然二仁溪沿岸的廢棄物是幾十年前廢五金業者棄置在河邊的，目前行為人已不可考，但是臺南市政府為了市民的整體生活環境，還是積極請求環保署及水利署的協助，爭取經費及技術支援，加速解決這些歷史共業。
臺南市環保局進一步說明，環保局在107年已經針對南萣橋上游800公尺及二仁溪出海口附近裸露的廢棄物進行緊急清除打包189包，並考量暫存空間已飽和及掩埋場依法不可暫置該類有害廢棄物下，目前仍待環保署核定試驗計畫相關經費，後續確認可行的處理方式及妥善去處後，將由第六河川局加速清理作業。監察院在107年底及108年3月均指派監察委員關心本案，在尚無妥善去處前，暫時以現地穩固方式，避免廢棄物遭受沖刷。
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