馬總統於上任時致贈全臺首學臺南孔廟「聖德化育」匾額乙座，97年12月6日揭匾後，因匾型制、尺寸、落款，與過去歷屆總統有異，引發地方人士議論。8日上午總統馬英九親臨全臺首學臺南孔廟重新揭匾，副市長顏純左全程陪同，參與揭匾的來賓有總統府副秘書長劉寶貴、立法委員陳淑慧、教育局鄭邦鎮局長、文化局葉澤山局長、黎區長、洪玉鳳、曾培雅、黃麗招、林燕祝、謝龍介、盧崑福、蔡玉枝議員等人，在孔廟禮門前的遊客們都向馬總統高聲問好，總統也停下腳步與民眾揮手致意。
馬總統向至聖先師孔子神位上香獻花後揭匾，他表示今日在全臺灣最大、歷史最悠久的臺南孔廟揭匾，非僅實質上的尊崇，更在於發揚中華文化、傳播孔學、儒學對符合現今世道人心的論點，以引導社會向上向善的力量。馬總統以晚清學者陳維英入祀為例，建議臺南市可以為本地的教育家或學者辦理入祀。
顏副市長表示他是孔子門生顏回的第八十八代孫，而馬總統回以失敬，令滿座莞爾。顏副市長念茲在茲的向總統請命，為全臺文化首都臺南市升格直轄市後，相關的法令如公債法、財劃法、行政區劃法仍未見通過，請總統協助，讓臺南有充裕的5％的文化預算，好為臺南的文化替臺灣發聲。
馬總統以論語中所提的「政者，正也；子帥以正，孰敢不正？」、「其身正，不令而行；其身不正，雖令不行」等治國之道與來賓分享；又以孟子梁惠王篇所說「不違農時，穀不可勝食也；數罟不入洿池，魚鱉不可勝食也；斧斤以時入山林，材木不可勝用也。穀與魚鱉不可勝食，材木不可勝用也。」表示2500年前古人的智慧與現在的環境保育觀念仍相呼應。
孔廟14面匾額數量高於各地孔廟，大成殿內懸有清代以來歷任國家元首頌揚孔子的御匾，康熙「萬世師表」、雍正「生民未有」、乾隆「與天地參」、嘉慶「聖集大成」、道光「聖協時中」、咸豐「德齊幬載」、同治「聖神天縱」、光緒「斯文在茲」，以及先總統蔣中正「有教無類」、嚴家淦「萬世師表」、蔣經國「道貫古今」、前總統李登輝「德配天地」、陳水扁「中和位育」，以及馬總統「聖德化育」共8位皇帝與6位總統14面匾，堪為全國御匾最完整的孔廟，也是臺南孔廟一大特色。（新聞來源：100.9.8市府網站/市政新聞）