為因應持續增溫的本土登革熱疫情，臺南市政府10月4日緊急成立「登革熱流行疫情指揮中心」，由臺南市長賴清德擔任召集人，每週一親自主持會報。賴市長強調，近幾日疫情雖有些許趨緩，通報數也略減，但仍不能掉以輕心，「10月正是決勝月」，請市民務必配合消滅孳生源，共同對抗登革熱。
截至10月2日全國登革熱病例數累積高達538例，其中近8成病例發生於臺南市。為加強登革熱防治，市府4日成立「登革熱流行疫情指揮中心」，下設7個工作小組，分別進行衛生教育宣導、孳生源清除、病媒蚊密度調查、化學防治、疫情掌握、檢驗及醫療及追蹤考核等防疫工作。市府也邀集疾病管制局第四分局、醫師公會、臺南市府各局處及各區區長召開第一次會議。
在4日會議上，賴市長要求各區區長應確實掌握布氏指數，無論有無病例發生的區里，都需徹底落實「一里一日清」，才能降低疫情擴大蔓延的可能。另外，他也要求經發局市場處應發揮功能，協助區長改善傳統市場環境，消除病媒蚊孳生問題。而大專院校及國立學校校內環境的清理，則請疾管局及臺南市教育局介入協助輔導。
賴市長表示，近幾日疫情雖有些許趨緩，通報數也略減，但仍不能掉以輕心，因為10月正要進入登革熱的高峰期。他強調噴灑藥劑只是治標，對於未孵化的蟲卵並無成效，唯有將容器中的積水傾倒在陽光下曝曬，才是清除孳生源最正確有效的做法。
此外，他也針對登革熱疫情作幾項裁示：
1. 登革熱為第二類法定傳染病，在本市發生病例數已超過預期值，依傳染病防治法規定，屬流行疫情地區，為統籌指揮採行必要措施，自今日起成立臺南市登革熱流行疫情指揮中心，每週一並由市長親自主持會報。
2. 防治登革熱需結合各相關機關單位及人員，就其主管轄區機構、住宅、市場、學校、古蹟、遊憩地等進行督導、清除病媒蚊孳生源，維護環境清潔。
3. 本市目前案例數較96年高出許多，因此可以推估10、11月將進入高峰期，若今年又是暖冬，流行期可能跨越至明年，所以不可輕易鬆懈。
4. 許多第一線指揮官如區長、里鄰長，甚至是市議員，都還未有正確的防治觀，因此成立指揮中心的第一要務，就是先將正確的防疫方法，讓所有市民清楚，有衛生局、環保局彙整Q&A，再透過區公所發送至各家戶或於網站公布。
5. 疫情的公開透明有助於防治策略的隨時調整，以及所需資源的整治分配，因此請衛生局每日都需彙整最新案例並公告上網以及鄰里抽查結果，環保局則每日彙報「一里一日清」的績效數據統計。
6. 基於病媒蚊的生命週期，自本週起每個週末各主管機關的範圍內，都要澈底執行環境清理，也請市民務必配合屋內積水容器的清除、屋後溝的清理，全民動員才能有效防治登革熱。
衛生局也呼籲臺南市民，如有發燒、頭痛、後眼窩痛、關節肌肉疼痛、出疹等症狀，應盡速就醫，若發現疑似登革熱個案也應立即通報，以利衛生機關及時採取防治措施避免疫情擴大，家家戶戶也要落實清除積水容器，消滅孳生源，以維護市民的健康。（新聞及照片來源：101.10.04市府網站/市政新聞）