一、機關檔案申請程序
1.查詢檔案目錄
查詢利用機關檔案，請先利用機關檔案目錄查詢網，查詢機關檔案目錄。
2.提出應用申請
由於 「機關檔案目錄查詢網」公布之目錄，是各機關依檔案法規定，定期送交檔案管理局彙整公布之檔案目錄，檔案實體仍在各檔案管有機關。
故經由機關檔案目錄查詢網查得欲申請應用之機關檔案後，請填具檔案應用申請書（可逕由網路下載列印）並簽名後，得以下列方式分送各檔案管有機關受理。
1. 申請書簽章後，得親自持送、郵寄或傳真。
2. 申請書經申請人以符合電子簽章法第10條規定之憑證簽署者，以電子文件向各機關指定之資訊系統為之。
3. 於各機關網站或其他電子設備所建置之電子表單申請。
三、准駁回覆通知
依檔案法第19條規定，各機關於收到檔案應用申請書後，應自受理之日起30日內，以書面通知申請人准駁結果；如需補正資料，則自申請人補正之日起算。
四、應用檔案
申請人(代理人)請依機關之檔案應用申請准駁結果通知，攜帶證明文件至機關指定處所應用檔案。
二、機關檔案應用收費標準
機關受理民眾申請應用檔案經同意者，機關得依「檔案閱覽抄錄複製收費標準」收費，或依實際業務需要，自訂收費標準並依規費法所訂程序報經主管機關核准後實施。