二仁溪，臺南市與高雄市的界河，經多年整治至111年8月嚴重污染比例已大幅下降至17.4%，兩市仍會持續整治，臺南市將推動永康污水下水道水道建設及用戶接管，加強支流三爺溪事業稽(清)查。若上游主要染源高雄市畜牧糞尿資源化可達75%，二仁溪水清魚見指日可待。
環保署資料指出，二仁溪主幹流長度63.2公里，主要污染源為高雄市境內畜牧廢水，及下游臺南市三爺溪支流民生污水，民國91年嚴重污染比例100%，110年降至33.7%，脫離嚴重污染河川長度計有52.2公里。雖然河川嚴重污染比例偶有起伏，但以宏觀角度而言，二仁溪水質現況正在逐漸改善中。
環保署10月31日召開「二仁溪整治小組及再生願景聯繫會報」，建議高雄市確實督導內門畜牧糞尿集中處理場資源化達75%，並於內門、田寮、阿蓮等畜牧密集區增設集中處理場，以及臺南市優先推動永康污水下水道建設及用戶接管，加強三爺溪事業稽(清)查，評估氨氮及重金屬銅第二階段加嚴措施。
臺南市政府歷年來對二仁溪的相關污染整（防）治，包括水利局向中央爭取到經費7.8億元，辦理三爺溪上游排水截流及中新擴建，將每日處理水量由12000公噸提升為27000公噸，處理後之乾淨放流水回送至上游網寮橋河段，以增加河川基流量，提升三爺溪水體自淨能力。
此外，水利局將持續辦理污水下水道系統接管作業：仁德污水下水道系統(含東區)建設計畫，預計接管約72,453戶；而虎尾寮污水下水道系統建設計畫，預計接管約15,158戶。
環保局自108年度起加嚴三爺溪流域銅放流水限值，深度查核79家含銅工廠，聘請專家學者進廠輔導改善並請業者提出自主污染削減管理；監測高污染潛勢廠商污染異常排放情形；培訓河川巡守志工，包含長榮大學、中華醫事科技大學等10隊338人加入河川巡守、污染通報及簡易水質監測。
環保局也分年針對轄內各大流域辦理生態調查，108年間二仁溪生態物種調查。在中下游水域調查到的魚類種類數，已從20多年前的10多種，增加至41種，最讓人驚喜的是竟然發現鰻苗。
承辦單位：水域及毒物管理科
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