推行環保稽查、取締告發、裁決之工作皆須仰賴科學、客觀、公正之檢驗數據，為使檢驗業務的運作，臻至理想，依據87年10月全國環境檢驗研討會議結論，本局環境檢驗實驗室籌劃申請中華民國實驗室認證各項準備工作，88年7月完成系統建制，實際運作。90年7月26日通過中華民國實驗室認證體系現場評鑑。91年3月26日正式取得中華民國實驗室認證體系(現為全國認證基金會TAF )測試領域實驗室認證(認證編號0765)，持續實踐與改善，累獲展延認證通過，112年已通過認證，有效期至115年9月27日。