飲用水品質的優劣，直接影響到市民的健康。本局為市民飲用水安全把關，執行內容包括：抽驗自來水水質、飲用水設備維護管理、自來水淨水場水源水質、飲用水水質處理藥劑、包盛裝水水源水質稽查、污染水源水質行為稽查管制等；環保署亦於每年編列預算執行全國自來水及簡易自來水中，揮發性有機物、重金屬、農藥等屬影響健康或可能影響健康物質之抽驗。
在水源部分，目前水源保護區分別由經濟部依自來水法劃定自來水水質水量保護區及環保署依飲用水管理條例劃定飲用水水源水質保護區來保護飲用水水源，而保護區內水源保護工作涉及土地利用管理、森林保育經營、水土保持、污染防治等，涉及相關法令有自來水法、森林法、水土保持法、山坡地保育利用條例、水利法、都市計畫法等。
轄區內2萬立方公尺以上淨水場有計烏山頭、潭頂、南化及曾文淨水場4處，2萬立方公尺以下計楠玉、白河、鏡面淨水場3處，每季執行水源水質抽驗；飲用水水質處理藥劑部分烏山頭、潭頂、南化、曾文、山上、楠玉、鏡面淨水場7處，每年4月抽驗送環保署檢驗。
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