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為防治海洋污染,保護海洋環境,維護海洋生態,確保國民健康及永續利用海洋資源,於民國89年11月公佈施行「海洋污染防治法」,而依據民國90年9月5日公告之「海洋污染防治法施行細則」第六條第一項規定,中央主管機關應就全國性海域水體,依其海域環境分類設置海域環境監測站;直轄市、縣(市)主管機關應就其轄區內之海域水體,依其海域環境分類設置海域環境監測站。

臺南市政府環境保護局依據上述之相關法令,於臺南市所轄海域選定適當的海域監測點,定期進行海域水質監測工作,依據監測結果檢討水質現況,釐清並追蹤污染來源,以掌握污染處理時機,進而採取適當之防治措施及應變改善計畫。