為防治海洋污染，保護海洋環境，維護海洋生態，確保國民健康及永續利用海洋資源，於民國89年11月公佈施行「海洋污染防治法」，而依據民國90年9月5日公告之「海洋污染防治法施行細則」第六條第一項規定，中央主管機關應就全國性海域水體，依其海域環境分類設置海域環境監測站;直轄市、縣(市)主管機關應就其轄區內之海域水體，依其海域環境分類設置海域環境監測站。

臺南市政府環境保護局依據上述之相關法令，於臺南市所轄海域選定適當的海域監測點，定期進行海域水質監測工作，依據監測結果檢討水質現況，釐清並追蹤污染來源，以掌握污染處理時機，進而採取適當之防治措施及應變改善計畫。