組織架構圖說明：局長→副局長→主任秘書→專門委員、簡任技正→底下有九科、五室。
九科、五室：綜合規劃科、空氣及噪音管理科、水域及毒物管理科、一般廢棄物管理科、事業廢棄物管理科、土壤污染管理科、稽查檢驗科、清淨家園管理科、環境淨零永續科、勞工安全衛生室、秘書室、人事室、會計室、政風室
