本局設各科、室，分別掌理下列事項：
一、綜合規劃科：綜合業務、環境教育、綠色採購、環境影響評估之審查監督、資訊系統規劃管理及應用等相關事項。
二、空氣及噪音管理科：空氣品質管理、空氣污染防制、移動污染源管理、噪音防制、振動防制、固定污染源空氣污染防制費徵收及管理等相關事項。
三、水域及毒物管理科：水污染防治、海洋污染防治、飲用水管理、毒性與關注化學物質及環境用藥管理、毒性及關注化學物質災害防救等相關事項。
四、一般廢棄物管理科：一般廢棄物管理、資源回收再利用管理、資源回收廠、垃圾掩埋場、垃圾焚化廠及水肥處理廠等廠(場)營運管理等相關事項。
五、事業廢棄物管理科：事業廢棄物管理、廢棄物清除處理機構許可管理及環保科技園區管理等相關事項。
六、土壤污染管理科：土壤與地下水污染之調查、整治及管理及非法棄置場址管理等相關事項。
七、清淨家園管理科：市容維護、環境衛生、一般廢棄物清理、隊員勤務督導管理、後勤管理及代管之掩埋場維護管理等相關事項。
八、稽查檢驗科：公害糾紛處理、公害陳情案件與一般稽查、取締告發、罰鍰收繳及催繳、強制執行及空氣污染、水污染、土壤及地下水污染、廢棄物、飲用水之環境檢驗、監測等相關事項。
九、環境淨零永續科：淨零永續城市規劃管理、溫室氣體減量管制、氣候變遷調適規劃管理、永續發展綜合業務及環境保護國際合作事務等相關事項。
十、勞工安全衛生室：勞工安全衛生、勞工健康保護、勞工職業災害預防與事故處理、勞資關係及勞工安全衛生教育訓練等相關事項。
十一、秘書室：文書、檔案、印信、事務、採購、出納、法制、研考、財產管理、為民服務、公務車輛管理、工友與適用勞動基準法人員之管理、公共關係、新聞發布及其他不屬於各科、室之事項。
十二、人事室：依法辦理人事管理事項。
十三、會計室：依法辦理歲計、會計及統計事項。
十四、政風室：依法辦理政風事項。