本市位於臺灣的西南部，西臨臺灣海峽，海岸線長約69.3公里，37個行政區域，面積達2,192平方公里，人口約188.2萬人。主要河川為急水溪、鹽水溪、二仁溪、曾文溪及八掌溪等五大流域，另有將軍溪排水。為南部地區人口密集之重要工業及農業經濟重心，惟工商快速發展之下，境內河川多受民生、事業及畜牧污染影響，水質情況不佳，連帶影響民眾生活居住品質。本市境內列管事業及污水下水道系統共計2,323家，包括9處工業區下水道系統，列管事業中，以畜牧業家數最多，共計有541家，佔列管事業23.3%。
境內河川多受民生、事業及畜牧污染影響，若以BOD負荷量進行推估，事業廢水污染負荷約佔總數20.0%、畜牧廢水污染負荷約佔總數25.6%、生活污水污染負荷約佔總數54.5%。基於本市河川及水庫現況問題分析，為整合跨局處及跨單位資源，以有效推動污染整治工作及增加橫向聯繫整合平臺，於民國99年12月縣市合併升格為直轄市後，即成立河川污染整治推動小組，由市長親自主持，102年度將海洋及水庫納入管理，透過跨局處及跨單位合作，有效整合各單位資源及共同整治河川、海洋及水庫污染。

同時為了解各河川水域生態，於105年6月起分年度針對各流域進行水域生態調查。調查項目為指標生物(浮游性植動物、附著性藻類、水生昆蟲、魚類、底棲動物)之種類、數量、歧異度、分布、優勢種、保育種、珍貴稀有種。

水質監測意義:

目前行政院環境保護署用於評估河川水質之綜合性指標為「河川污染程度指標, River Pollution Index」簡稱「RPI」。RPI指標係以水中溶氧量(DO)、生化需氧量(BOD5)、懸浮固體(SS)、與氨氮(NH3-N)等四項水質參數之濃度值，根據其數值來對污染程度加以分類。RPI水質參數說明如下:

生化需氧量(BOD):係指水中易受微生物分解的有機物質，在某特定時間及溫度下，被微生物的分解氧化作用所消耗的氧量。一般所稱的生化需氧量係以20℃培養5日後所測得的結果，記做(BOD5)。生化需氧量可表示水中生物可分解的有機物含量，間接也表示了水體受有機物污染的程度。
氨氮(NH3-N):含氮有機物主要來自動物排泄物及動植物屍體之分解，分解時先形成胺基酸，再依氨氮、亞硝酸鹽氮及硝酸鹽氮程序而漸次穩定。因此當水體中存在氨氮可表示該水體受污染時間較短。
溶氧(DO):係指溶解於水中的氧量，為評估水體品質的重要指標項目之一。水中溶氧可能來自大氣溶解、自然或人為曝氣及水生植物的光合作用等，水若受到有機物質污染，則水中微生物在分解有機物時會消耗水中的溶氧，而造成水中溶氧降低甚至呈缺氧狀態。
懸浮固體(SS):係指水中會因攪動或流動而呈懸浮狀態之有機或無機性顆粒，這些顆粒一般包含膠懸物、分散物及膠羽，懸浮固體會阻礙光在水中的穿透，其對水中生物影響與濁度相類似;懸浮固體若沉積於河床，則會阻礙水流，若沉積於水庫庫區，則可能減少水庫的蓄水空間。

水質參數包括DO(mg/L)、(BOD5)(mg/L)、(NH3-N)(mg/L)、SS(mg/L)。

RPI指標之計算及比對基準如下表所示:

RPI:河川污染指數
Si:第i項水質參數之點數
i:水質項目

臺南市政府環境保護局

河川水質監測及水域生態調查