「財產來源不明罪」將舉證責任轉換（或稱舉證責任倒置）給被告的公務員，表面上此種「推定貪污」的概念，似與「世界人權宣言」、「聯合國公民及政治權利公約」及我國現行刑法、刑事訴訟法之「無罪推定」原則相左。但是，基於追查貪污犯罪最重要的環節在於資金的清查，或稱追查金錢流向，若法律不賦予當事人財產來源說明義務，將形同默許其隱藏貪污所得，對社會公義形象傷害甚大。故聯合國「反貪腐公約」與部份國家均已採用「舉證責任倒置」之規定，將財產來源不明作「有罪推定」，並不許其行使「沉默權」，以貫徹「反貪腐」工作，茲分述各該理論於下： 一、舉證責任倒置： 聯合國2003年訂定「反貪腐公約」，第二十條明文規定，一個公職人員的消費水平和生活方式是否與其薪金收入水平相符合，即應要求本人作出解釋。當明知他有非法收入或資產，但拿不到貪污行為確鑿證據時，這也可以作為起訴的根據。即被告不能證明其財產來源合法，可推定為非法收益而予以沒收。其基本精神為舉證責任倒置或稱舉證責任轉換，換言之，由被告承擔舉證責任。通常舉證責任倒置之情形有三：1.法律明確規定由被告承擔對有關事項的舉證責任。2.財產來源不明的案件中，責令被告對所擁有的財產來源作出滿意的說明。3.設立推定，給司法人員更大的自由裁量權。被告提供反證，否則推定即成立，認定被告所擁有的財產為非法收入。我國組織犯罪防制條例第七條第二項規定，對於參加（犯罪）組織後取得之財產，未能證明合法來源者，應追繳、沒收、追徵，即為舉證責任轉換之規定；又公職人員財產申報法第十條，對財產申報無正當理由拒絕說明或虛偽說明或逾期未提出說明之行政罰規定，亦有部分舉證責任轉換之精神。 二、有罪推定： 舉證責任倒置的另一面向，是將被告無法證明所得之來源，推定為有罪。因此，一個人一旦被控有不明財產，便會被認為是罪犯。有罪推定雖可能成為罪疑從有，但是在實際貪腐案件偵查實務中，由於調查人員的調查時間急迫、人力有限、調查方法又受限於許多各人資訊保護法規，若未假設持有不明來源財產之某特定對象有罪，偵查單位往往難以深入了解資金流向。可見，對於貪污罪是否可能成案之基本前提在於掌握一定貪污所得，而拒絕說明「不明財產」來源，就是將已知或確定之事實（如財產異常增加），推論出合理的犯罪構成要件，先尋求了解其財產來源，再輔以其他各種調查方法（如資金清查），才能找出貪污證據。 三、沉默權之例外： 沉默權起源於英國，十二世紀初被用來作為對抗宗教法庭不人道的審訊方法，1568 年戴爾大法官為一名被迫宣誓者簽發了人身保護令，後來被歸納為「任何人都不得強迫提供反對自己的證據」。美國憲法第五條修正案，「任何人不得在刑事案件中被迫自證己罪」。加拿大權利與自由憲章第十一條規定，被告有權在針對自己的刑事指控中不被強迫作證。依我國刑事訴訟法第九十五條第二款規定，訊問被告應先告知得保持緘默，無須違背自己之意思而為陳述。此皆為沉默權之具體實踐。但在偵查貪污案件中，雖然不自證己罪傳統上在保護個人，但也具有確保審判程序公平之效。由於貪瀆案件蒐證不易，設若放任「不明財產」持有者拒絕說明財產來源，即等於聽任貪污犯罪嫌疑人任意阻擾犯罪偵查，則可能造成偵查人員無法繼續調查貪瀆之具體犯罪事證，對於偵查正當程序原則大有損害。故各國對被告行使緘默權與國家利益相衝突時，也多承認為可給予必要的限縮，即被告無正當理由而濫行緘默權時，即科以徒刑，以防其弊。