· 光復後政府為確保國民健康，每鄉鎮各成立衛生所俾便辦理地方衛生行政及醫療業務，遂於民國四十年二月二十一日成立新化鎮衛生所隸屬新化鎮公所，然於翌年又改隸為台南縣衛生院，民國五十一年本所實施地方自治再度歸隸新化鎮公所，民國六十三年七月俸令更隸台南縣衛生局，民國九十九年十二月二十五日縣市合併更隸臺南市政府衛生局迄今。

· 本所成立之初由醫師辛晉臣當首任主任兼醫師任職三年奠定初基，後由許鏡智醫師接任三年，民國四十七年乃由丘繼徽醫師接任，至七十八年榮退後由楊爵誌醫師接任，至八十二年七月由林明輝醫師接任，八十五年四月由陳建州醫師就任，八十七年九月嚴高彬醫師接任，八十九年沈祐緯醫師接任，九十一年郭松墩醫師接任，九十八年陳俊達醫師接任，一０二年三月十五日吳金倉醫師接任，一０四年十二月二十八日起由吳政達醫師接任.。

· 於民國十六年至今已有八十幾年歷史。