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本區之命名據傳說 三百六十年前 , 明末鄭成功參軍陳永華駐軍在此 , 開墾荒地 , 最初開墾面積有二甲 , 六甲 , 七甲不等 , 於是以面積為村號 , 后遂沿稱為二甲 , 六甲 , 七甲等村合併為一鄉 , 六甲屬中心 , 故稱六甲鄉 . 本鄉住民祖先來自福建 , 清初台灣隸屬福建省 , 設台府而分置三縣 , 本區隸屬諸羅縣赤山保轄內 , 自 1896 年於甲午之役 , 依馬關條約本島割讓日本 , 本鄉改為嘉義縣六甲警察置轄內 , 至 1900 年 11 月廢置廳 , 時改歸為鹽水港廳 , 當時稱為六甲區 ,1908 年廢廳合縣 , 復改歸屬台南廳六甲支廳轄內 ,1920 年 10 月 1 日地方制度改正 , 改為台南州曾文郡六甲庄 , 初代庄長主辦半地方自治行政以十四部落形成 , 迄至 1945 年 , 台灣光復後 , 本區改為六甲區。
六甲區衛生所 於民國 39年設置原屬於台南縣衛生院，後又改隸屬台南縣衛生局，99年縣市合併隸屬台南市政府衛生局，是一木造建築物，下雨時辦公室內常淹水，工作人員需坐於桌上辦公，設備非常簡陋，主要工作是民眾兒童預防注射，民國81年配合改建計畫，衛生所遷至六甲菜市場樓上，也開始有門診醫療服務及綜合保健業務，辦理有關慢性病及婦幼衛生保健工作。83年遷入新大樓辦公，是一四層樓之建築物，空間寬廣，前有停車場，使社區民眾接受保健醫療服務更舒適方便深受民眾喜愛多。民國86年衛生所保健服務資訊系統全面上線，邁入電腦化作業。
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