日據時期
日本人在臺，為推行其殖民地政策，戶政業務由警察機關管理；其目的在調查勞動力，維持治安。臺灣戶籍始自明治三十九年建制，分為本籍人口及寄留人口，設有戶口調查簿、正、副簿，分別由警察辦理戶口調查，戶籍登記即由鄉、鎮保甲事務所書記辦理。
光復初期
我國戶籍法於民國二十年十二月十二日公佈；戶籍法施行細則於二十三年六月二十五日公布 ，但未施行。民國三十五年始在臺施行，當時戶籍登記業務由民政機關主管；戶口查察業務則由警察機關依警察勤務規章的規定辦理，所以戶籍登記與戶口管理工作採雙軌制，由民政 機關與警察機關管理。
戶警合一
民國五十八年基於戡亂時期嚴密戶口管理，配合治安需要，試辦戶警合一制度。
民國六十二年正式將戶政業務由民政單位劃歸警察機關主管，並將鄉鎮市區公所之戶籍課改為各縣市鄉鎮市區戶政事務所，隸屬各縣、市政府警察局。
民國八十一年六月二十九日修正戶籍法廢除本籍登記。
戶警分立
隨著動員戡亂時期終止，實施戶警分立，民國八十一年七月一日起戶政業務回歸由民政單位掌理。各縣市民政局設戶政課，掌理戶籍行政業務，並督導所轄各戶政事務所辦理戶政業務。
戶政電腦化作業
本所自民國八十五年七月一日起採用戶役政資訊作業系統正式電腦化作業。
民國八十六年十月一日起全國連線作業完成。
臺南縣、市合併改制為直轄市
民國九十九年十二月二十五日配合臺南縣、市合併改制直轄市，本所名稱變更為臺南市歸仁區戶政事務所。
臺南市37區戶政事務所合併改制為18區戶政事務所
民國106年7月3日整併37區戶政事務所，原歸仁區戶政事務所、關廟區戶政事務所、龍崎區戶政事務所3所合併 ，本所名稱變更為臺南市歸仁戶政事務所。