1.本里係由原「校前、菩薩、妙壽」等3里合併而成；康熙57年在港仔尾創建靈濟宮，奉祀伍前殷主公玄天上帝水仙王等神，乾隆12年創建伍德宮奉祀金門蘇王爺，乾隆14年水師協鎮沈廷耀創建城隍廟奉祀城隍爺，乾隆20年創建妙壽宮奉祀保生大帝（孫真人），另有一座古廟觀音亭，奉祀觀世音菩薩；民國91年2月本市行政區域調整，將上述3里合併，並重新規劃為20鄰，因本里屬港仔尾社，故取名「港仔里」。
2.清領時期安平區有俗稱『前有石門樓，後有五間店』即指本里，本里在清領時期屬十二宮社，是頗為繁華之地；民國34年12月行政區域整編，定名為石門里；民國91年2月本市行政區域調整，重新規劃成「石門里」及「平安里」2里。
3.民國106年臺南市里鄰編組，將原本「港仔里」與「石門里」合併為「天妃里」。