民國75年3月教育部訂定「加強家庭教育促進社會和諧五年計畫實施方案暨修正案」奉行政院核定，開始試辦「親職教育諮詢中心」，於76年10月全面推動家庭教育，陸續在台灣地區各縣（市）設立「親職教育諮詢中心」。
有鑑於推展家庭教育及親職教育，亟需整體性、前瞻性、突破性及創新性之多元規劃，79年5月1日將原設立之「親職教育諮詢中心」一律更名為「家庭教育服務中心」，並設立全國統一之「幫幫我（885）諮詢專線」，遴選國中、小學輔導老師參加教育部與台灣省政府教育廳共同辦理之「親職教育諮詢中心專業輔導人員研習班」，爾後組成義務志工團，擔任諮詢服務工作。
為有別於「家庭扶助中心」，教育部於「研商各直轄市繼各縣市家庭教育中心之工作計畫會議」決議，自88年7月1日起，將原「家庭教育服務中心」統一更名為「家庭教育中心」；92年2月家庭教育法通過後，臺南縣（市）政府依法陸續成立「臺南縣政府家庭教育中心」及「臺南市家庭教育中心」，為縣（市）政府所屬之二級機關，正式運作。
99年12月25 日縣市合併後，本中心服務轄區擴大，分溪北、溪南及永康諮詢服務區，服務對象為臺南市民，目的是增進臺南市民之家人關係與家庭經營知能，強化家庭功能，促進家庭和諧。