本區在明鄭時代屬承天府天興縣。康熙二十三年(公元一六八四年)設台灣府，下設台灣鳳山、諸羅三縣，本地屬諸羅縣，是時尚為荒蕪之地。雍正九年(公元一七三一年)設廳，改屬「鹽水港廳」，管轄「下茄苳南堡」、「下茄苳北堡」及「白鬚公潭堡」，後因行政區再度調整，始改隸「嘉義廳」。迨至西元一九二○年九月一日台灣地方制度大變革，廢廳，設州、郡、庄，將原嘉義廳下茄苳南堡、本協庄、鳥樹林庄、安溪寮庄、下茄苳北堡、菁寮庄、崩埤庄、長短樹庄、竹圍後庄、新港東庄、上茄苳庄、土溝庄及白鬚公潭堡、白河墩庄等合稱「後壁庄」，隸屬台南州新營郡。臺灣光復後，成立台南州接管委員會，再改設為「台南縣後壁鄉」。民國99年12月25日因應縣市合併，原台南縣與台南市合併升格為直轄市，並更名為「臺南市後壁區」。