依國家賠償法第9條第1項及第2項規定，因公務員於執行職務行使公權力不法侵害而請求損害賠償者，以該公務員所屬機關為賠償義務機關。因公共設施設置或管理欠缺致受損害而請求損害賠償者，以該公共設施之設置或管理機關為賠償義務機關。
如依上開規定無法判斷，建議先向自行認定之機關提出書面請求，倘該機關為本府所屬機關學校，且認為無管轄權時，即應依行政程序法第17條及臺南市政府國家賠償事件處理要點第12點等規定，移請有管轄權之機關辦理。如本府所屬機關學校間管轄權有爭議，受移送機關應簽請本府確定賠償義務機關。