民國99年12月25日起臺南縣、市合併升格為臺南市，由首屆市長賴清德揭開全新的一頁，市長宣誓就職典禮上午9點在永華市政中心（原臺南市政府）二樓中庭舉行，行政院政務委員曾志朗擔任監誓人並授予印信。賴市長的就職演說全程以國、臺語雙聲交替，擘劃大臺南願景，誠摯動人，逾500名貴賓數度給予熱烈的掌聲。民進黨黨主席蔡英文特地擔任貴賓道賀致詞，祝福賴市長帶領，讓大臺南市在全臺灣佔有重要角色，帶領臺灣在下個世代向前走！
宣誓後賴市長即前往市長辦公室，在宣示就職書上簽字後，賴市長旋即簽下第一份公文。茶會前，副市長顏純左率領市府一級單位主管及一級機關首長宣誓，臺南市37個區的區長也緊接著完成宣誓。
今日前來觀禮的貴賓除了民進黨黨主席蔡英文，還有前行政院長游錫堃、臺南縣前縣長陳唐山、臺南市前市長蘇南成等人，典禮在悠揚的古典樂伴奏下進行，賴市長及夫人於8時50分進場，賴市長在就職演說上表示，一定要讓大臺南繁榮起來，改善市民生活、平衡臺灣南北差距，讓新臺南成為臺灣南方的耀眼之星。他保證市府團隊一定全力以赴，願意接受人民及歷史最嚴厲的檢驗。
賴市長首先感謝鄉親的栽培及許添財市長、蘇煥智縣長與全體市府員工過去的努力及交接上的協助。他表示將用最謙卑的心情及最大的信心，向鄉親承諾，一定要再創臺南風華盛世。
賴市長指出臺灣歷史文化根源始於臺南。過去「臺灣第一城」的榮景是臺南人永遠的驕傲。縣市合併升格是大臺南轉型的契機、神聖的使命，一定要繁榮大臺南，改善大臺南地區的建設發展及生活品質，並促進臺灣整體均衡發展。
他表示對於攸關未來發展的「財政收支劃分法」、「公債法」、「區域劃分法」三大法案，仍未三讀通過，面臨財政吃緊的考驗，要求同仁要面對考驗，一切的市政運作即刻起就會上緊發條，步入正軌。
在行政上，賴市長表示將以「清廉勤政、傳承創新」的精神，推動綠色新政，接受陽光法案最嚴格的檢驗，建立有效能的行政機制。透過網路電子化、決策零時差、聯絡無距離，帶給鄉親們便捷有效率的市政服務；更要求行政團隊勇於任事、清廉自持，瞭解鄉親的需求，照顧到每一位鄉親。
對於經濟，賴市長表示將打造豐衣足食的大臺南！將以農業發展為基礎、科技產業為動力，大力推動綠色能源、生物科技、精緻農業、文化創意、流行時尚及觀光六大產業。
在生活環境上，賴市長強調將以「防洪、景觀、生態、水質、遊憩」整合性治水概念，徹底解決水患、創造親水樂活的環境。賴市長表示未來臺南市的治安要改善、建立優質教育、便利交通網絡、注入生活美學，創造安全無憂的生活。要讓全體大臺南市民享受均衡的醫療、教育。
賴市長對大臺南充滿信心，他說我們不需要模仿臺北、臺中或高雄，大臺南本來就是一個獨一無二的城市，有我們的特色，也有我們自己的方向，我們應該以一貫的悠然步調，走出咱府城美妙的腳步。
最後，賴市長再向大家承諾，大臺南將會是大文學家葉石濤先生所說的：「是一個適於做夢、幹活、戀愛、結婚悠然過日子的好地方」，市長承諾要讓生活在這塊土地上的青年看見希望、壯年實現理想、老年懷抱幸福。將以穩健的步伐，實現對城市的願景和大家心中的夢想，並向全體市民保證，市府團隊一定全力以赴，並願意接受人民及歷史最嚴格的檢驗。
依據市府人事處提供一級單位主管及一級機關首長為：副市長顏純左，秘書處處長王永順，財政處代理處長張紹源，法制處處長謝志明，新聞及國際關係處處長鄭國忠，民族事務委員會主任委員林賢豐，人事處處長許瑛峰，主計處處長陳淑姿，政風處處長侯鴻基，民政局局長陳宗彥，教育局局長鄭邦鎮，農業局代理局長郭伊彬，經濟發展局局長葉惠青，觀光旅遊局局長陳俊安，社會局局長曹愛蘭，勞工局局長王鑫基，地政局代理局長洪得洋，都市發展局局長徐中強，文化局代理局長葉澤山，交通局局長魏健宏，工務局局長吳宗榮，環境保護局局長張皇珍，消防局局長李明峰，警察局局長陳子敬，衛生局代理局長陳耀徳，稅務局局長施栢齡，另，研究發展考核委員會主任委員王時思尚未就職不宣誓，水利局長李孟諺尚未就職不宣誓。
民政局提供各區區長名單：新營區區長張睿民、鹽水區區長顏進仕、白河區區長劉米山、柳營區區長李添財、後壁區區長李本源、東山區區長尤連發、麻豆區區長謝耀清、下營區區長姜家彬、六甲區區長顏振標、官田區區長陳成文、大內區區長楊信基、佳里區區長王崑源、學甲區區長邱志榮、西港區區長陳玉賢、七股區區長陳獻明、將軍區區長陳益敦、北門區區長曾榮嘉、新化區區長姚溪海、善化區區長劉春輝、新市區區長鄭枝南、安定區區長黃茂容、山上區區長陳進文、玉井區區長胡火龍、楠西區區長江欣穎、南化區區長張文榮、左鎮區區長呂順令、仁德區區長徐萬仲、歸仁區區長陳英裕、關廟區區長盧振義、龍崎區區長黃德茂、永康區區長王峻明、東區區長吳明熙、南區區長劉啟崇、北區區長謝振益、中西區區長黎燕玉、安南區區長顏昇祺、安平區區長林國明。
臺南市第一屆里長就職典禮25日下午在臺南市政府新營區民治行政中心南瀛堂（原臺南縣政府中正堂）舉行。大臺南37個區各推派里長一人為代表，自賴市長手中接過當選證書，象徵接下合併升格後未來臺南市的發展及市政願景之重擔。會後賴市長與各區區長及里長合影，為臺南市改制升格直轄市留下美好的見證。
賴市長首先恭喜里長們，可說是眾望所歸，寫下歷史紀錄。他表示未來將與大家共同打拼、服務基層，他也感謝從初選到大選，里長們提供他寶貴意見與對他的疼惜，他再次感謝大家支持。他表示未來將充分授權區長，保證找區長可以解決如農路、路燈、水溝等問題！他表示過去的鄉、鎮改為區，鄉鎮代表會不存在，『里』的功能務求發揮到最大，里要能擔起服務鄉親的任務。
另外，他表示將建立制度，讓社區『動起來』，賴市長以他行醫的經驗表示：人基本結構是細胞、沒有細胞則無組織、無器官，同理，市政要推動成功，最基層的『里政』一定要順利推動，讓里可以動起來。他要結合社區里內志工、落實社區主義、社區營造，不但要比過去美麗進步，更能達到環境、衛生、醫療、治安、文化甚至照顧都要『在地化』。
賴市長表示小內閣將近完成，他再度強調用人唯才，選用要用最好的人來服務，目前副市長、副秘書長及文化局長尚未產生外，他確實做到不分黨派、用人為才的理念。如延攬中央人才—前行政院副秘書長陳美伶來擔任市府秘書長，他笑稱所用的苦心比起當時追他太太時還辛苦，因此他相信有秘書長，未來對大臺南市政推廣一定有助益，賴市長表示：過去市府、縣府同仁的競選政治獻金他一概不收；也不曾打過電話給縣市政府的同仁，一方面是保留行政中立的空間，同時也保留他用人唯才的空間。賴市長說未來大臺南要克服的「財政問題」及「組織整併」問題，他會率領小內閣好好推動。他承諾會推動產業、致力招商讓大臺南發展，讓鄉親安居樂業。
他表示大臺南除了失業的問題外，淹水也是民眾的切身之痛，他邀請過去水利署署長擔任防洪治水委員會召集委員，一定會用最大氣力解決水患。賴市長再度表示大臺南將會是大文學家葉石濤先生所說：「是一個適於做夢、幹活、戀愛、結婚悠然過日子的好地方」，對於臺南市的里長到民治市政中心參加就職，或許稍嫌路途遙遠，但他表示未來可能也會需要到此，大家藉此次機會先來瞭解一番，永華市政中心與民治市政中心兩大中心，讓大家早一日認同，大家不分彼此、同心為臺南市前途打拼努力。
賴市長與臺南市選舉委員會主任委員謝世傑共同頒發里長當選證書給各區里長代表，該區的所有里長們也同時起立，讓在場的里長同仁們互相認識、互道恭喜。
民政局長陳宗彥代表民政團隊感謝里長們在第一線服務所有民眾，也介紹臺南市政府新的民政團隊─副局長戴鳳隆及各科業務主管與37區的區長等給大家認識。
本次各區接受推派接受當選證書的里長為：新營區大宏里蔡崇名，鹽水區舊營里謝清河、白河區白河里林光輝、柳營區中埕里王天河、後壁區墨林里殷獻政、東山區東河里吳火生，麻豆區晉江里榮志強、下營區營前里姜德楠、六甲區龍湖里黃進丁、官田區嘉南里黃進枝、大內區石林里楊享壽、佳里區鎮山里林振鈷、學甲區中洲里林清發、西港區營西里方世雄、七股區大埕里吳榮華、將軍區鯤鯓里王燕宗、北門區雙春里李連興、新化區清水里姚順良、善化區六德里鄭宗枝、新市區三舍里林華郎、安定區南安里王國如、山上區南州里李振家、玉井區玉井里楊嘉男、楠西里龜丹里林茂松、南化區南化里余俊輝、左鎮區左鎮里林谷芳、仁德區三甲里陳金水、歸仁區看西里林進平、關廟區北勢里李朝義、龍崎區崎頂里黃昭祥、永康區甲頂里李明勝、東區大學里許俊雄、南區國宅里郭鐵樹、北區新勝里李金定、中西區永華里黃文龍、安南區鹿耳里蕭平和、安南區平通里黃順興(新聞來源：99.12.25市政新聞)。