祀典武廟正殿及三代廳震災損壞設計書圖經文化部審查通過後，祀典武廟管理委員會於101年12月完成工程發包，擇吉日吉時於3月6日上午11時由廟方主委陳柏青、副主委林培火、立法委員陳淑慧服務處執行祕書黃堯音、文化部文化資產局簡玉華副組長、臺南市文化資產管理處傅清琪組長、黃毅誠建築師、合易茂營造工地負責人謝木村共同主持動工大典，祈祝工程進行期間順利圓滿。
屏東霧台地震發生於101年2月26日，造成正殿背側山牆、內側附壁柱損壞、彩繪層剝落、戧脊與垂脊交接處損壞，三代廳中脊與垂脊交接處損壞及石柱錯位，祀典武廟於震災後即通知文化資產局會同臺南市文化資產管理處共同會勘，依會勘建議祀典武廟隨即自行出資委託古蹟專業建築師黃毅誠設計，同年11月21日經文化部審查設計書圖核可，臺南市文化資產管理處隨即積極協助提報文化部補助，文化部101年度立即先核定補助修復工程經費65%，由廟方辦理招標，由合易茂營造有限公司以65萬元得標簽約，工期100日曆天，創全台第一個緊急災害發生，同年即補助發包完成之案例。
臺南市文化資產管理處表示，本次在緊急災害發生後，能迅速啟動修復程序，首要歸功廟方積極通報，此外本市文資處立即連絡文資局查勘審議，協助爭取預算及文資局大力支持，是促使本案順利推動之助力，也寫下古蹟所有人、地方主管機關與中央主管機關三方合作無間之範例。
依文資法第18條規定，古蹟由所有人、管理人、使用人管理維護，祀典武廟的積極作為可作為本市古蹟管理維護的典範，並在101年度獲文化部選定為本市管理維護示範點。
祀典武廟正殿及三代廳震災損壞修復工程內容包含正殿背側山牆、正殿垂脊與戧脊交接處裂縫採epoxy高壓灌注，面覆麻絨白灰整平處理；東向立面之垂脊裂縫採灌注無收縮水泥後刻槽嵌入扁型不銹鋼板，再以epoxy砂漿黏結不銹鋼板與牆體；正殿拉繫鋼索檢修及加固、三代廳正立面檐廊龍邊石柱與下方柱珠有錯移變位歸位施作、三代廳中脊兩端與垂脊交接處開裂採灌注無收縮水泥後刻槽嵌入扁型不銹鋼板，再以epoxy砂漿黏結不銹鋼板與磚體以進行補強。
本次修復之三代廳源於清兵進入中原後，八旗兵以三國演義為兵書，故對關公特別崇敬；清雍正帝，下令全國普建關帝廟，並尊其為武聖，並追封三代，祀於後殿。（新聞及照片來源：102.3.7市府網站/最新消息-文化資產管理處）