9月27日23時30分中央氣象局已將臺南市劃入杜鵑颱風陸上警戒區，請民眾做好防颱準備，颱風侵襲期間請勿外出、觀浪等危險行為，並請勿前往已劃定之危險區域，以免觸法，另9月28日上午10時適逢超級大潮，沿海及近岸低窪地區應特別留意海水倒灌及淹水。
配合颱風防災因應作為，區公所目前設置5處砂包領用點，提供民眾自行領用，砂包領用點為區公所（青年路側門）、國立臺南生活美學館南側體三用地（自中華西路二段進入）、西湖社區活動中心前空地（湖美街60巷31號）、保安里活動中心前（尊王路53號）及海安路二段302巷30號旁空地等5處地點，民眾如有需要，請自行前往載運，並注意外出及行車安全，颱風過後如不再使用砂包，請送回原領取處，切勿隨意丟棄或堆置，以免影響市容環境。